In Siegendorf entstand gegen das nationalsozialistische Regime eine kommunistische Widerstandsgruppe, die eng mit der Gruppe in Zillingdorf zusammenarbeitete. Die Haupttätigkeit der Gruppe bestand darin, für in Not geratene Genossen und deren Familien einen Solidaritätsbeitrag einzusammeln und Druckschriften zu gestalten.
Im November 1942 wurden die Mitglieder der Siegendorfer Gruppe verhaftet und es wurde ihnen der Prozess gemacht. Der Leiter der illegalen Ortsgruppe, der Hilfsarbeiter Mathias Karlovits, und der Kassier, der Zimmermannsgehilfe Kaspar Hiller, wurden im Juni 1943 vom Volksgerichtshof in Wien wegen „Vorbereitung zum Hochverrat“ schuldig gesprochen und zum Tode verurteilt. Verzweifelt versuchten die Familien der Verurteilten, im Ort Unterschriften zu sammeln und eine Begnadigung zu erwirken. Der Großteil der Siegendorfer weigerte sich allerdings, eine Unterschrift unter das Begnadigungsschreiben zu setzen. In einem Brief der Kreisleitung Eisenstadt an die Gauleitung in Wien vom 20. Juli 1943 hieß es dazu:
„In Erledigung ihres Auftrages teile ich ihnen mit: Die Verurteilung des Mathias Karlovits zum Tode hat in der Bevölkerung von Siegendorf im Allgemeinen eine gute Resonanz ausgelöst. Viele Volks- und Parteigenossen sagen hiezu, es sei ihm recht geschehen bzw. er hätte es verdient. Seine Frau und die nächste Verwandtschaft hat sich bemüht, unter der Bevölkerung Unterschriften für ein Gnadengesuch zu sammeln. Der Ortsgruppenleiter teilte mir mit, dass auch an ihn das Ersuchen hiezu gestellt wurde. So wie er haben es jedoch die Parteigenossen und viele Volksgenossen abgelehnt, ein Gnadengesuch zu unterschreiben. Der Verurteilte hate für seine Frau und für sein 14-jähriges Kind (Mädchen) zu sorgen. Er ist vermögenslos. Seine Frau wohnt gegenwärtig bei ihrem Bruder, der Hilfsarbeiter von Beruf und gegenwärtig zum Grenzschutzdienst in Siegendorf selbst eigezogen ist. Die Frau ist Arbeitseinsatzfähig und arbeitet als landwirtschaftliche Taglöhnerin bei den Bauern. Die Tochter hat die Hauptschule in Siegendorf absolviert und will nach Mitteilung des Ortsgruppenleiters die Kaufm. Wirtschaftsschule in Eisenstadt besuchen. Die Familie wurde seit der Inhaftierung ihres Ernährers mit RM 32,- monatlich aus den Mitteln der WHE-Betreuung befürsorgt. Die Betreuung geht in diesem Ausmass vorläufig weiter. Der Verurteilte ist ungarischer Staatsbürger, volkstumsmässig väterlicherseits kroatisch, mütterlicherseits deutsch. Seine Ehegattin hat 2 kroatische Elternteile. Das Todesurteil ist in Siegendorf allgemein bekannt.
Heil Hitler
Der Kreisleiter“
(Sammlung Dieter Szorger, Siegendorf)
Am 2. November 1943 wurden die Todesurteile an Kaspar Hiller und Mathias Karlovits im Landesgericht Wien vollstreckt. Weitere sieben Mitglieder der Siegendorfer Widerstandsgruppe wurden wegen ihrer Tätigkeiten in der kommunistischen Zelle zu Haftstrafen verurteilt. Der inhaftierte Maurer Andreas Posteiner wurde am 6. April 1945, wenige Tage vor Kriegsende, Opfer eines SS-Massakers in der Haftanstalt Stein an der Donau.