Auch im Burgenland nahmen Vertreter der Kirche mit ihrer kritischen Einstellung eine oppositionelle Haltung zum NS-Regime ein. So auch der Pfarrer von St. Margarethen, Johann Ecker, der des Öfteren mit den NS-Behörden in Konflikt kam. Bereits 1939 wurde ihm die Lehrbeauftragung entzogen, da er den „Heil Hitler-Gruß“ verweigerte. In seiner Stellungnahme vor der Gestapo gab er an:

Kirchengasse, Sankt Margarethen im Burgenland, Burgenland, Österreich

„Der Unterzeichnete gibt hiemit sein Verhalten dem Lehrkörper gegenüber und bezüglich des nationalsozialistischen Grußes an:
I) Im Amtsblatte heißt es bezüglich des Grusses, daß die Lehrerschaft im Schulgebäude sich mit “Heil Hitler” grüsst.
Es ist richtig, daß ich die Lehrer nicht mit “Heil Hitler” grüsste.
Darum:
1.Weil ich mich nicht als Mitglied der Lehrerschaft fühlte. Warum? Man hat mir in der Volksschule Eisenstadt nie eine Verordnung gezeigt, und auch keine Mitteilung gemacht, was dem Lehrkörper anging. So daß ich z.B. wenn ein Schulfest oder Schulfreier-Tag war, dies nur von den Kindern erfahren habe.
2.Weil ich als Priester in. die Schule ging und höchstens als Kateche bezeichnet werden konnte, nie aber als Volksschul-Lehrer.
3.Ich interpretierte diese Vorschrift wort-wörtlich, welche nur die angestellten Lehrer, aber nicht den Katechet betrifft.
4.Man hat mir nie eine Andere Auslegung gesagt, man hat mich auch nicht aufmerksam gemacht, daß ich die Lehrer mit diesem Gruß grüssen sollte

Nur einige Tage vor der Enthebung sagte der Schulleiter Bauer, man beanstandet mein Verhalten dem Lehrkörper gegenüber. Die Anzeige war damals schon längst gemacht!

II) Den Kindern gegenüber habe ich den nationalsozialistischen Gruß geleistet.
Und sollte ich ihn vielleicht hie und da vergessen haben, mag sein. Aber als schuldig kann ich mich da auch nicht bekennen:
weil ich im diesen Schuljahre in den 1 – 3-Volksschulstufe Konfessionsunterricht erteilt habe und da kam es öfters vor, daß die Kinder, ganz besonders am Anfang des Schuljahres, durcheinander grüssten. Manchmal haben die Kinder gleich, als ich in die Klasse kam, mit “Gelobt sei Jesus Christus” gegrüsst da konnte ich doch nicht schon früher “Heil Hitler” schreien, bevor ich noch im Schulzimmer war.
Und ich dachte mir, den nationalsozialistischen Gruß den Kindern zu lernen, ist ja gar nicht meine Aufgabe.
Johann Ecker, Kaplan“
(DOEW. Gestapo Tagesbefehl Nr.1 vom 30.3.-1.4.1943).

Im Februar 1942 wurde die Gestapo abermals auf ihn aufmerksam, da er Mitglieder der Hitlerjugend aufforderte, zum Gottesdienst, statt zum Appell zu gehen. Im folgenden Prozess gab Johann Ecker an, dass das Gesetz Gottes über das staatliche Gesetz zu stellen sei, woraufhin er zu einer zweimonatigen Gefängnisstrafe verurteilt wurde. Im Dezember 1943 leistete er neuerlich Widerstand, indem er französische Zivilarbeiter in seinem Pfarrhof beherbergte und ihnen bei der Flucht nach Ungarn behilflich war.