Der Wasserhaushalt des Neusiedler Sees ist fast ausschließlich durch Verdunstung und Niederschlag bestimmt. Es gibt keine größeren Flüsse, die Wasser in den See bringen könnten. Mehrere heiße und trockene Jahre können auch dazu führen, dass der See für eine Zeit völlig verschwindet. Nachweislich war der Neusiedler See im Mittelalter und in der Neuzeit (z.B. 1736, 1811) zum Teil oder ganz ausgetrocknet. Mehrere Berichte beschreiben ausführlich die letzte vollkommene Austrocknung des Sees von 1865 bis 1871. Das Leben der ansässigen Bevölkerung wurde über Jahrhunderte vom Auf und Ab des Wasserstandes bestimmt. Während man Hochwässer seit dem Bau des Einserkanals um 1900 regulieren kann, ursprünglich war damit auch die Trockenlegung des Sees geplant, so musste man bei Niedrigständen, wie Anfang der 1930er Jahre oder in den 1950er Jahren, machtlos zusehen.
Der ausgesprochen heiße und trockene Sommer führte 2003 zu einem extrem niedrigen Wasserstand im Neusiedler See. Besorgt über die möglichen touristischen Auswirkungen ließen Landespolitiker prüfen, inwieweit Wasser aus der Raab und Rabnitz aus Ungarn in den See geleitet werden könnte. Noch wirksamer erschien es mittels Donauwasser den Wasserstand des Neusiedler Sees zu heben. Bei Hainburg sollte Wasser in einen Kanal gepumpt werden, um den Seespiegel um maximal 10 Zentimeter zu erhöhen. Experten warnten allerdings vor einem drohenden Umweltkollaps im Steppensee, da es eine generelle chemische Unverträglichkeit der beiden Gewässer Donau und Neusiedler See gibt. Auch im „Standard“ vom 29. August 2003 konnte man kritische Kommentare dazu nachlesen:

© BLA
Kinder spazieren im schlammigen Ufer des Neusiedler Sees oder Zicksees

„Ich glaube auch nicht, dass es gut sein kann Flusswasser in einen Steppensee zu leiten. Müsste doch ein Unterschied sein, allein von den Wasserbewohnern her, oder?“

„[…] wenn das Wasser im Neusiedlersee knapp ist, dann ist es auch in der Donau und den meisten anderen Flüssen Österreichs so! z.B. steht ein Drittel aller steirischen Bäche und Flüsse vor dem austrocknen. der „Grüne See in Tragöß ist nur mehr ein Schatten seiner selbst und auch bereits zu einem nicht unwesentlichen Teil ausgetrocknet.“

„Es liegt in der Natur des Steppensees, dass er bei länger andauernden Hitzeperioden unter Umständen auch einmal austrocknet. Dies ist beim Neusiedlersee bereits einige Male geschehen. der „homo turistica“ will die Natur aber wieder einmal des Profits wegen auf den Kopf stellen und Eingriffe tätigen, dessen Auswirkungen längst nicht erforscht werden können. HÄNDE WEG VON DER NATUR !!!!“

(https://www.derstandard.at/story/1400953/donauwasser-fuer-den-neusiedler-see)